Nach den Lenzburgern waren die Kyburger und später die Herren von Hallwyl (1273) Schutzherren von Hägglingen. Mit dem Kloster Beromünster wurde auch die Kirche von „Hackelingen“ am 23. Januar 1045 unter den Schutz des Kaisers gestellt. In einem päpstlichen Schutzbrief für das Kloster Muri sind auch dessen Güter in „Haclingin“ aufgeführt (18. März 1179 / Papst Alexander).
Mit der Eroberung der Freien Ämter durch die Eidgenossen kam auch Hägglingen 1415 unter deren gestrenge Herrschaft. Viel Unbill brachte auch die Zeit der Reformation, als Hägglingen oft im Kampfgebiet der verfeindeten Eidgenossen lag.
In den Jahren 1611/13 raffte eine Pestepidemie einen Viertel der Bevölkerung und drei Pfarrherren dahin, viele Häuser standen leer, ganze Geschlechter starben aus.